In ihrem brandneuen und bisher größten Kinoabenteuer stechen SpongeBob und seine Freunde aus Bikini Bottom in See! SpongeBob, der endlich auch zu den Großen gehören möchte und Mr. Krabs seinen Mut beweisen will, folgt dem Fliegenden Holländer — einem mysteriösen, verwegenen Geisterpiraten. Und so beginnt ein rasantes und witziges Seefahrts-Abenteuer, das ihn in die tiefsten Tiefen der Tiefsee führt, wo noch kein Schwamm zuvor gewesen ist.